By Sociala medier användare reagerade ilsket och kallade myndigheterna ”hycklande”.
År 2018 började kronprinsen av det konservativa landet ett reformprogram.
Men aktivister säger att förtrycket har ökat och att yttrandefriheten har slagits ned.
Videon släpptes på YouTube förra veckan av en ung rappare som identifierar sig själv som Asayel Slay.
Hon raps om kvinnor i staden Mecka, som är islams heligaste plats där miljontals muslimer åker på Hajj eller pilgrimsfärd årligen.
”Vår respekt för andra tjejer men Mecka flickan är sockergodis”, sjunger hon i videon medan män och kvinnor dansar på ett café.
Det delades allmänt på sociala medier, och folk använde hashtag #Mecca_Girl_Represents_Me för att berömma det.
På torsdag guvernör i Mecka Khaled al-Faisal beordrade gripandet av folket bakom videon, twittra att det ”förolämpar seder Mecka” och använder hashtag ”De är inte flickorna i Mecka”.
Hur Saudiarabiens kronprins steg till makten
Reform och förtryck går hand i hand i Saudiarabien
Den saudiska rappare som utför vid ratten
Asayel Slay konto har stängts av och videon är inte längre tillgänglig på YouTube.
En populär tweet läste, ”Det är den enda rapslåt som inte innehåller en enda obscenitet, förolämpning, pornografisk scen, nakenhet, hasch eller rökning och rapparen bär ens hijab.
”Flickan grips eftersom låten inte passar nya Saudiarabien eller gamla.”
Media CaptionsAudi Arabia reformer: Är de goda nyheter för kvinnor?
Andra användare i sociala medier föreslog att dubbelmoral gäller för män och kvinnor.
De uppmärksammade fallet med den marockanska sångaren Saad Lmjarred som tilläts uppträda i Riyadh efter tre anklagelser om våldtäkt som han förnekar.
Saudiarabien ber om ursäkt för videomärkning feminism som extemism
Användare av sociala medier anklagade myndigheterna för att projicera en bild av modernisering utomlands samtidigt som de har slagit ner hemma.
”Det här är så typiskt för den saudiska regeringen att göra – ta västerländska influencers att artwash regimen men attackera riktiga saudiska kvinnor som försöker konstnärligt uttrycka sina kulturella identiteter,” twittrade Amani Al-Ahmadi, som identifierar sig själv som en saudi-amerikansk feminist.
Kronprins Mohammed Bin Salman främjar en modernare bild av landet utomlands som en del av sitt reformprogram Vision 2030.
Konstnärer som Mariah Carey, Nicki Minaj och BTS har bjudits in att uppträda i riket.
Nicki Minaj drog ut efter en motreaktion och citerar sitt stöd för kvinnors och hbt-samfundets rättigheter.
Vid en musikfestival i december greps 120 saudiska män och kvinnor för att ha på sig ”olämpliga kläder”.
